В последние годы национальный кубок в России не пользуется особой популярностью у клубов премьер-лиги, которые пытаются проложить дорогу в еврокубки через национальное первенство. Отсюда нередкие случаи попадания команд из низших дивизионов в финальные стадии турнира.

Кубок России разыгрывается по олимпийской системе на выбывание. Любительский клубы начинают борьбу с 1/512 финала, причём новый розыгрыш кубка начинается ещё до финала предыдущего. Команды первого дивизиона начинают свой кубковый путь с 1/32 финала, а клубы премьер-лиги – с 1/16 финала. На всех стадиях турнира победители пар определяются по результатам одного матча, в случае ничьей в котором назначается дополнительное время с возможными послематчевыми пенальти. Финал Кубка России, как правило, проводится в Москве, однако в 2010 году впервые решающий матч состоялся в Ростове-на-Дону.

При этом в розыгрышах Кубка России 2004/05, 2005/06 и 2006/07, начиная с 1/16 финала и до полуфиналов включительно, победители определялись по сумме двух матчей. А в розыгрыше 2002/03 действовало правило "золотого гола" для дополнительных овертаймов, в случае ничьей в основное время.

Победа в Кубке России дает право на выступление в розыгрыше Кубка УЕФА. Если же победитель добился этого права через розыгрыш Чемпионата России, то в еврокубок попадет финалист. За годы проведения Кубка России его обладателями становились следующие команды:

1993 – "Торпедо" Москва – ЦСКА Москва – 1:1 (доп. время, по пенальти 5:3)

1994 – "Спартак" Москва – ЦСКА Москва – 2:2 (доп. время, по пенальти 4:2)

1995 – "Динамо" Москва – "Ротор" Волгоград – 0:0 (доп. время, по пенальти 8:7)

1996 – "Локомотив" Москва – "Спартак" Москва – 3:2

1997 – "Локомотив" Москва – "Динамо" Москва – 2:0

1998 – "Спартак" Москва – "Локомотив" Москва – 1:0

1999 – "Зенит" Санкт-Петербург – "Динамо" Москва – 3:1

2000 – "Локомотив" Москва – ЦСКА Москва – 3:2 (доп. время)

2001 – "Локомотив" Москва – "Анжи" Махачкала – 1:1 (доп. время, по пенальти 4:3)

2002 – ЦСКА Москва – "Зенит" Санкт-Петербург – 2:0

2003 – "Спартак" Москва – "Ростов" – 1:0

2004 – "Терек" Грозный – "Крылья Советов" Самара – 1:0

2005 – ЦСКА Москва – "Химки" – 1:0

2006 – ЦСКА Москва – "Спартак" Москва – 3:0

2007 – "Локомотив" Москва – ФК "Москва" – 1:0 (доп. время)

2008 – ЦСКА – "Амкар" – 2:2 (доп. время, по пенальти 4:1)

2009 – ЦСКА Москва – "Рубин" – 1:0

2010 - "Зенит" - "Сибирь" - 1:0 (Ростов-на-Дону)

2011 - ЦСКА Москва - "Алания" - 2:1 (Ярославль)

2012 - "Рубин" (Казань) - "Динамо" (Москва) - 1:0 (Екатеринбург)

2013 - ЦСКА (Москва) - "Анжи" (Махачкала) - 1:1 (по пенальти 4:3) (Грозный)

 

Завоеванные трофеи:

7 – ЦСКА Москва

5 – "Локомотив" Москва

3 – "Спартак" Москва

2 – "Зенит" Санкт-Петербург

1 – "Динамо" Москва, "Торпедо" Москва, "Терек" Грозный, "Рубин" Казань